Το Τμήμα Επιστήμης Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού Σερρών του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης ιδρύθηκε το έτος 1985. Οι πρώτοι φοιτητές του φοίτησαν στο ακαδημαϊκό έτος 1985-1986 και οι πρώτοι πτυχιούχοι του ορκίστηκαν τον Ιούλιο του 1989.
Από ιδρύσεως του έχουν εγγραφεί 3133 φοιτητές και φοιτήτριες και έχει δύναμη 785 φοιτητών/τριών, ενώ έχει χορηγήσει πτυχία σε 1350 φοιτητές και φοιτήτριες (καταμέτρηση 19/1/2012).
Το Τ.Ε.Φ.Α.Α. Σερρών είναι το μοναδικό Πανεπιστημιακό Τμήμα στην πόλη των Σερρών και εμφανίζει μια συνεχώς έντονη δυναμική στο χώρο της ανάπτυξης της αθλητικής επιστήμης με τη διοργάνωση εκδηλώσεων όπως συνεδρίων, σεμιναρίων, συμποσίων, συναντήσεων αθλητικών αγώνων, εκθέσεων κτλ.
Το 2005 έγινε ανεξάρτητο τμήμα.